【会計士監修】通勤手当の課税・非課税のルールとは？交通費の非課税上限額や特殊な通勤手当を解説

業務上で発生する交通費は大きく次の2種類に分けられます。

• 役員や従業員の「通勤手当」
• 出張や移動などの「旅費交通費」

いずれも会社の経費となりますが、それぞれ課税上の注意点が存在します。ここでは交通費の中でも「通勤手当」の非課税限度額や社会保険料などについて詳しく解説します。

通勤手当は非課税？

よく交通費については、「通勤手当をいくら支給すればよいですか？」という質問が聞かれます。通勤手当は、あくまで会社が定める任意の金額で支給することが可能です。ただし従業員に支給される手当は、基本的に従業員個人に対する所得税の課税対象です。たとえば住居手当や残業手当、扶養手当など、全ての手当が課税対象となります。

ところが通勤手当の場合、課税方法が他の手当と異なります。通勤手当は一定基準の範囲内であれば、所得税は非課税です。その理由は、通勤手当の性質が会社に出勤するための単なる実費の補てんであり、所得に馴染まないからです。

通勤手当と交通費との違い

通勤手当と間違いやすいものとして交通費というものがあります。どのような違いがあるのかしっかりと理解しておきましょう。
まず、交通費とは従業員が営業先に行く際、また遠方に出張をする際などに発生する費用を指します。たとえば、電車やバス、飛行機などの公共交通機関が対象となります。

一方で通勤手当は自宅から会社までにかかる通勤の費用を会社が手当てとして支給することを指します。
交通費は実費精算が一般的であるのに対して、通勤手当は社員の通勤方法によって支給額や計算方法が異なります。詳しくはこの後解説します。

非課税となる通勤手当とは

通勤手当であれば、交通費がいくらでも非課税になるわけではありません。非課税となる金額は、限度額があります。ここからは3つのケースに分けて見ていきましょう。

1.車両や自転車などの交通用具で通勤する人

車やバイク、原付、自転車は、通勤距離で非課税限度額が定められます。車であっても自転車であっても、非課税限度額が変わりません。そのため、不公平感はあるかも知れませんが、経理側としては覚えやすくてありがたい規定です。計算時は、往復距離、月の労働日数、ガソリン代、平均燃費などで算出をします。

なお、平成28年1月1日以後適用分の例では次のように定められています。

適用する際は、必ず国税庁のホームページ等で最新の非課税限度額を確認しましょう。

（参考）国税庁　通勤手当の非課税限度額の引上げについて

車の場合、2点補足があります。
1点目は駐車場代です。会社に駐車場がない場合、近隣の月極駐車場を利用することがあるでしょう。この駐車場料金を会社が負担するかどうかは、会社の自由です。ただし負担する場合は全額課税となりますので、非課税の通勤手当に含めることはできません。
2点目は有料道路を使用する場合です。通勤途中に有料道路を使用する際は、距離に応じた非課税限度額に有料道路の通行料金を合計した金額が非課税限度額となります。たとえば片道の通勤距離が60㎞で、うち30㎞が有料道路（通行料が1ヶ月あたり5,000円）の場合、

31,600円（55km以上の非課税限度額）＋5,000円＝36,600円

となり、36,600円が非課税限度額です。ただし、1ヶ月で15万円が上限となります。

経理プラス：車通勤の交通費精算方法は？非課税限度額などの注意点を解説

2.公共交通機関を使って通勤する人

運賃全額が非課税となりますが、1ヶ月15万円が上限金額です。ただし運賃について、国税庁の通達では「通勤のための運賃・時間・距離等の事情に照らして、最も経済的かつ合理的な経路及び方法で通勤した場合」としています。たとえば、グリーン車の利用料金は交通費とはいえ非課税となりません。新幹線の場合は上限に収まっていれば非課税扱いとなります。

また、公共交通機関を使い実費精算を行っている場合は、毎回の申請が煩雑になりがちです。Suica®やPASMO®を使い効率的に申請する方法もありますので、併せてご覧ください。
経理プラス：Suica®やPASMO®の履歴印字や請求書発行の手順と交通費精算の効率化について

3.複数の交通手段を使い通勤する人

たとえば、自宅から2㎞以上離れた最寄り駅まで自転車で行き、電車に乗る場合などが該当します。非課税限度額は前述した1・2の合計で、1ヶ月15万円が上限です。一方で徒歩通勤者に通勤手当を支給している場合は、当該通勤手当は課税対象となります。

課税通勤手当は年末調整で給与に含める

課税通勤手当を支給した場合は所得税を課税するため、年末調整で給与に含める必要があります。
給与計算ソフトを使用して課税・非課税を分離していると自動計算してくれるため、交通費の計算に間違いは起きにくいでしょう。ただし、もし手書きの給与明細書や社内で作成したエクセルなどで対応している場合は注意が必要です。毎月の給与明細の上で、通勤手当の課税と非課税を確実に分けて記録しておきましょう。

通勤手当の消費税は？

消費税の納税義務者である会社の場合、通勤手当が課税仕入となるか、非課税仕入となるかを迷うかもしれません。この点、消費税法基本通達11-2-2によれば、通勤手当のうち通勤に通常必要であると認められる部分の金額は課税仕入れに係る支払対価として取り扱うとあることから、基本的に通勤手当は全額課税仕入れとなります。個別対応方式における仕入税額控除の区分は、その従業員が課税売上にのみ貢献している場合を除き、共通課税仕入で処理することが一般的です。

通勤手当の具体例

それでは、いくつか具体例を挙げながら交通費に伴う通勤手当について見ていきましょう。

＜パターン①：徒歩+電車＞

• 条件
  　自宅～最寄りのA駅：徒歩
  　A駅～B駅：電車（1月の定期券代10,000円）
  　B駅～会社：徒歩
  　通勤手当10,000円支給
• 課税・非課税の別
  　課税通勤手当：0円
  　非課税通勤手当：10,000円
• 仕訳
  

  	借方	金額	貸方	金額
  	給与	10,000円	現金預金	10,000円

＜パターン②：車＋有料道路あり＞

• 条件
  　自宅～会社：車30㎞（非課税限度額は、18,700円）
  　有料道路：1,000円
  　通勤手当：20,000円支給
• 課税・非課税の別
  　課税通勤手当：300円
  　非課税通勤手当：19,700円
• 仕訳
  

  	借方	金額	貸方	金額
  	給与	20,000円	現金預金	20,000円

＜パターン③：2㎞未満＞

• 条件
  　自宅～会社：車1.8㎞
  　通勤手当：2,000円
• 課税・非課税の別
  　課税通勤手当：2,000円
  　非課税通勤手当：0円
• 仕訳
  

  	借方	金額	貸方	金額
  	給与	2,000円	現金預金	2,000円

仕訳で非課税・課税に分ける必要はありません。エクセルで給与計算を行う会社の場合は、補助科目で課税・非課税を分けておくと、年末調整の際に残高試算表で付け合せがしやすくなるでしょう。

社会保険料の計算には通勤手当が含まれる

交通費について通勤手当を支給する場合に迷いやすいのが社会保険料の算定です。多くの会社が加入する全国健康保険協会（協会けんぽ）の場合、社会保険料は従業員ごとの「標準報酬月額」に基づき、健康保険料は都道府県ごとに定められる保険料率で、さらに厚生年金保険料は全国一律の保険料率を掛けて計算されます。実際には都道府県ごとの保険料一覧表があるため、難しい計算は不要です。

迷いやすいのは、この「標準報酬月額」を算定する算定基礎届の手続きの際に非課税の通勤手当を含めるかどうかです。結論から言えば、これは含めます。ここで、例を挙げて考えていきましょう。

＜例＞

• 月給25万円
• 住宅手当1万5,000円
• 課税通勤手当800円
• 非課税通勤手当4,200円

これらを毎月支給する従業員の標準報酬月額は、27万円です。

非課税通勤手当はあくまで所得税が非課税というだけで、他の税や保険料が非課税となることはありません。また、毎月計算する雇用保険料の計算も、通勤手当を全額含めて計算します。上記の例で言えば、27万円にそれぞれの事業に応じた保険料率を掛けて計算する形です。

こんな場合どうする？

働き方改革の推進によって、フレックスタイム制や在宅ワークなどを導入する企業が増えてきました。それに伴い、通勤手当の支給についても新しい事例が発生しています。在宅ワーク時の通勤手当の取り扱いや、2023年3月よりJR東日本で導入されるオフピーク定期券を活用する場合の2ケースについて取り上げ、詳しく見ていきましょう。

1.在宅ワーク時の通勤手当の扱い

新型コロナウイルスの感染予防対策により、在宅ワーク（テレワーク）が急速に普及しました。それに伴って、就業規則の変更や通勤手当の支給を見直した企業も多いでしょう。
通勤手当を見直す場合、これまで定期代を月額支給していたものを、出社日数に応じて実費支給に切り替えることが考えられます。

「在宅ワーク時は通勤手当を支給しない」と通知したのに従業員が定期を購入してしまった場合

事前に「在宅ワーク時は通勤手当を支給しない」と通知したにも関わらず、従業員が定期を購入してしまった場合の取り扱いについてです。社員に対して、メールや上司による周知などを確実に行っており、就業規則やテレワーク規定との不整合がなければ、従業員側に過失があったと考えられます。
本人と面談し、在宅ワーク時は通勤手当を支給せず、出社日数に応じて実費で清算する旨を説明すると良いでしょう。トラブルになりそうであれば、双方の管理職に同席してもらってください。

2.JR東日本で導入される「オフピーク定期券」を活用する場合

JR東日本が2023年3月に販売を開始する、オフピーク定期券を活用する場合についてです。

オフピーク定期券とは

オフピーク定期券とは、首都圏のJR東日本路線で、平日朝のピーク時間帯以外に利用できる定期券のことです。土日や休日は通常の定期券として利用できます。ピーク時間帯（90分）の設定は各駅によって異なります。利用に制約がある反面、通常の定期運賃より約10％値下げされます。

参考：オフピーク定期券の登場！| JR東日本

オフピーク定期券の注意事項

フレックスタイム制や始業時間が遅い企業などは、オフピーク定期券の活用によって通勤手当を抑えられる可能性があります。一方、ピーク時に出社した場合は別途実費精算が必要となり、従業員、経理担当者とも手間が増えることも考えられます。時間によって費用が変わるので、交通費精算がかえって手間かもしれません。通勤費の支給方法としてオフピーク定期券を適用するかどうかは、さまざまなケースを想定して判断すると良いでしょう。

もし、紙やエクセルなどで交通費精算を行っている場合は、正しいルートで申請されているか、時間によって費用が変わる場合もあり金額が正しいのか経理側のチェックに時間がかかってしまうかもしれません。
この課題は交通費精算システムを導入すれば、複雑な交通費精算も効率化できると考えられます。例えば、ICカードの乗車履歴をカードリーダーで読み取って、正しい運賃で交通費精算ができたり、申請されたルートが適切なルートであるか「早」「安」などのアイコンで確認できたりと、チェックの手間を省くことができます。

まとめ

最後に、交通費に伴う通勤手当のチェックポイントについてまとめます。

• 受け取った側の所得税が一定要件下で非課税となる
• 交通機関を使う場合は基本的に全額非課税
• 車両など交通用具は距離に応じて非課税限度額が変わるが、2㎞未満は全額課税
• 非課税額の上限は15万円
• 所得税以外の扱いでは課税・非課税の区別が不要

また、交通費・経費精算システムの「楽楽精算」なら、交通費精算だけでなく経費精算業務全体の時間短縮・効率化できる機能が豊富です。定期区間控除のチェックや検算作業など、毎月の処理が大変と感じている方は、交通費精算システムの導入を検討してみてはいかがでしょうか。

この内容は更新日時点の情報となります。掲載の情報は法改正などにより変更になっている可能性があります。

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